Otoimmün hastalıkların nedeni tam olarak bilinmemektedir. En büyük sebep olarak genetik ve çevresel faktörler gösterilmektedir. Haşhimatoya neden olan çevresel ve besinsel faktörlere; sigara, alkol tüketimi, iyot eksikliği ve fazlalığı, selenyum eksikliği, enfeksiyonlar, çevresel stres, kimyasal maddelere maruz kalma örnek olarak verilebilir.
