Su böreği kaç dakikada pişer? sorusu, bu geleneksel tarifi hazırlarken en çok merak edilen noktalardan biridir. Su böreği, yapım aşamaları nedeniyle oldukça emek isteyen bir börek olduğu için pişirme süresi de lezzetin doğru oluşmasında kritik bir role sahiptir. Genel olarak su böreği, önceden ısıtılmış 180–190 derece fırında yaklaşık 35 ila 45 dakika arasında pişer. Ancak bu süre, kullanılan tepsi boyutuna, hamurun inceliğine, kat sayısına, iç harcın yoğunluğuna ve fırının performansına göre değişiklik gösterebilir. Su böreğini doğru şekilde pişirmek için sürenin yanında, pişirme aşamasında dikkat edilmesi gereken bazı temel noktalar da vardır.
Su böreğinin altı ve üstü eşit şekilde kızarmalıdır. Bu nedenle fırının statik ayarı, yani üstten ve alttan eşit ısı veren program tercih edilmelidir. Eğer fırının alt kısmı daha hızlı pişiriyorsa tepsi bir süre sonra üst rafa alınabilir. Aynı şekilde üst kısım daha hızlı kızarıyorsa börek, pişirme kağıdı veya hafifçe kapatılmış bir folyo ile kontrol altına alınabilir. Su böreğini pişirirken en önemli detaylardan biri de kullanılan tereyağı miktarıdır. Katların arasına sürülen tereyağı, pişme sürecinde eriyerek yufkaların hem yumuşak hem de hafif gevrek bir doku kazanmasını sağlar. Yeterince yağlanmayan su böreği pişse bile kuru ve sert bir yapıya sahip olabilir. Bu nedenle pişirme süresinin ideal olabilmesi için hazırlanış aşamasındaki yağlama işlemi büyük önem taşır.
Tepsinin kalınlığı ve malzeme türü de pişme süresini etkileyen faktörlerdendir. İnce metal tepsiler ısıyı daha hızlı ilettiği için börek daha kısa sürede kızarabilir, döküm veya kalın tabanlı tepsilerde ise süre biraz daha uzayabilir. Su böreği pişerken tepsinin kendi ekseninde birkaç kez çevrilmesi de eşit bir pişirme sağlar. Özellikle büyük fırınlarda veya ısı dağılımı eşit olmayan fırınlarda bu işlem, böreğin her bölümünün aynı derecede kızarmasına yardımcı olur. Pişen böreğin fırından çıkar çıkmaz kesilmesi önerilmez; çünkü çok sıcak olan börek dağılabilir. İlk sıcaklığının hafifçe geçmesini beklemek, daha düzenli dilimler elde etmeyi sağlar. Su böreğinin ideal pişirme süresi tüm bu faktörlerin birleşimiyle belirginleşir ve doğru ayarlarla pişirildiğinde börek hem katmanlı dokusunu korur hem de geleneksel lezzetini tam anlamıyla yansıtır.